ثبت نام در مدرسه بصورت ترتیب زمانی است و کسانی که زودتر مراجعه کنند ثبت نام می شوند و تا زمانی که ظرفیت مدرسه تکمیل شود ثبت نام صورت می گیرد.
در ابتدا والدین دانش آموز می بایست در جلسه آشنایی با رویکرد مدرسه حکمت شرکت کنند و بروشور معرفی عمومی مدرسه در اختیار خانواده ها قرار می گیرد و می توانند از بخش های مختلف مدرسه نیز بازدید کنند.
سپس مدیر مدرسه و سپس مدیر آموزش با شاگرد و خانواده او مصاحبه انجام می دهند و از منزل وی نیز بازدید به عمل می آید که البته بازدید از منزل شاگرد در آخرین مرحله از ثبت نام می باشد. در این مصاحبه ها معیار اصلی جهت پذیرش یا عدم پذیرش شاگرد، معیار اخلاق و به خصوص فرهنگ می باشد که در صورت مغایرت شاگرد با مدرسه از پذیرش او در مدرسه جلوگیری می شود. ضمنا در مصاحبه مدیر آموزش با شاگرد مشخص می شود که آیا نیاز به گرفتن آزمون کتبی از شاگرد هست یا خیر.
پس از انجام مصاحبه ها و سنجش اولیه از توان علمی و تربیتی دانش آموز، نتیجه پذیرش اولیه به اطلاع والدین خواهد رسید.
در مرحله بعدی شاگردان براي كامل شدن ثبت نام خود، بايد حداقل يكي از پروژه هاي اعلام شده در لیستی که در تابستان به آنها داده می شود را به انتخاب خود انجام و محصولات آن را به مربي خود يا مدير مدرسه تحويل دهند. در صورت عدم ارائه نتايج پروژه، ثبت نام كامل نخواهد بود.
در صورت انجام موفق پروژه توسط دانش آموز، سازوکارهای اداری و مالی ثبت نام انجام شده و کلاس بندی دانش آموزان برای سال جدید انجام می شود.